دانشگاه آیت الله حائری میبد از سه دانشکده فنی و مهندسی، الهیات و معارف اسلامی و علوم انسانی و 7 گروه (مهندسی صنایع، مهندسی علوم کامپیوتر، علوم قرآن و حدیث، فلسفه و حکمت اسلامی، فقه و حقوق اسلامی، علوم اقتصادی، ایرانشناسی) و 16 رشته (مهندسی صنایع، مهندسی کامپیوتر، مهندسی فناوری اطلاعات، اقتصاد نظری، مدیریت مالی، ایرانشناسی، فرهنگ مردم، آداب و رسوم و میراث فرهنگی، تاریخ ایران اسلامی، فقه و حقوق، فقه و حقوق جزا، فقه و حقوق خصوصی، علوم قرآن و حدیث، تفسیر علوم قرآن، علوم و معارف نهج البلاغه، شیعه شناسی، فلسفه و حکمت اسلامی) تشکیل شده است.