دانشگاه آیت الله حائری میبد در مهرماه 1374 با عنوان «دانشکده الهیات میبد» وابسته به دانشگاه یزد با پذیرش 30 دانشجو در رشته دبیری الهیات و معارف اسلامی در عرصه‌ی تعلیم و تربیت شروع به فعالیت نمود.
این روند تا سال 1376 ادامه داشت تا اینکه در سال 76 رشته دبیری به رشته الهیات گرایش علوم قرآن و حدیث تبدیل گردید و در سال 1379 علاوه بر رشته علوم قرآن و حدیث در رشته فقه و حقوق اسلامی دانشجو پذیرفت.
پس از آن در سال 1386 فعالیت دانشکده الهیات میبد با دو رشته «علوم قرآن و حدیث» و «فقه و حقوق اسلامی» با اخذ مجوز پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد ارتقا یافت. یک سال بعد نیز دانشکده الهیات میبد توانست در رشته «فلسفه و حکمت‌اسلامی» هیأت علمی و دانشجو جذب نماید. ایجاد این رشته در کنار رشته‌های «علوم قرآن و حدیث» و «فقه و حقوق‌اسلامی» و حضور اساتید مجرب دانشکده الهیات میبد را به عنوان مرکزی تخصصی در فراگیری و پژوهش‌ های نوین در عرصه علوم اسلامی در سطح کشور معرفی نمود.
در سال 1388 مجوز رشته ایرانشناسی به عنوان اولین رشته غیر الهیات برای این مرکز اخذ شد، این دانشکده توانست پذیرای اساتید و دانشجویان علاقمند به تحقیق و تحصیل در این رشته نیز باشد.
سرعت پیشرفت فعالیت‌های عمرانی و آموزشی به گونه ای بود که در شهریور ماه 1389 این مرکز به مجتمع آموزش عالی ارتقاء یافت و در سال 1391 موفق به پدیرش دانشجو در مقطع دکترا در رشته‌ های فقه و حقوق جزا و علوم قرآن و حدیث گردید.
به دنبال آن و در سال 1392 با پذیرش دانشجو در رشته های فنی و مهندسی و علوم انسانی مجتمع آموزش عالی میبد در قالب سه دانشکده الهیات و معارف اسلامی، فنی مهندسی و علوم انسانی به دانشگاه آیت الله حائری میبد تبدیل شد.
دانشگاه آیت الله حائری میبد هم اکنون دارای سه دانشکده الهیات و معارف اسلامی، دانشکده علوم انسانی و دانشکده فنی و مهندسی است. بیش از 1600 دانشجو در 4 رشته و گرایش مقطع دکتری، 9 رشته و گرایش در مقطع کارشناسی ارشد و 15 رشته و گرایش در مقطع کارشناسی و تعداد 48 نفر عضو هیات علمی در فضای آموزشی و کمک آموزشی بالغ بر 20000 مترمربع و 13000 مترمربع فضای رفاهی-خوابگاهی به تحصیل اشتغال دارند.
سایت جدید این دانشگاه در زمینی به وسعت 160 هکتار در کنار شاهراه جنوب به شمال کشور و در یک موقعیت مناسب واقع شده است.
از افتخارات این دانشگاه مردمی بودن آن است که به مدد حضرت حق و خیرمندی ایرانیان و میبدیان مقیم داخل و خارج از کشور به ویژه بنیاد میبدی در کنار حمایت‌های تشکیلاتی و مالی وزارت علوم، بسیاری از پروژههای عمرانی آن کلید خورده و یا به اتمام رسیده است.
دانشگاه دارای دو باب خوابگاه ویژه برادران به مساحت 3000 متر مربع و با ظرفیت 330 نفر در سایت اصلی دانشگاه می‌باشد و خواهران دانشجو نیز می‌توانند از خوابگاه ویژه خواهران به مساحت 5000 متر مربع و ظرفیت 450 نفر در مرکز شهر استفاده نمایند. ضمنا پنج باب خوابگاه برادران و خواهران نیز توسط خیرین در دست ساخت می باشد.
همچنین کتابخانه‌ای با ظرفیت 25هزارجلد کتاب، مرکز رایانه، آزمایشگاه‌های زبان‌های خارجی و فیزیک، سالن آمفی‌تئاتر و سلف‌‍‌‌سرویس و فضای سبز مهیای استفاده دانش‌پژوهان است.
از طرحهای در دست اجرای دانشگاه می توان به طرح سر در اصلی دانشگاه، ورزشگاه، کارگاههای آموزشی، مسجد دانشگاه به مساحت 1100 مترمربع، پردیس شهدا و شهرک مسکونی دانشجویی ویژه خواهران و برادران در سایت اصلی را نام برد که در حال ساخت و اجرا می باشند.
از جمله افتخارات دانشگاه آیت الله حائری میبد درخشش دانشجویان این دانشگاه در پذیرش تحصیلات تکمیلی می باشد که نشان از بهرهمندی این دانشگاه از کادر علمی مجرب، اهتمام اساتید و امکانات مناسب آموزشی و پژوهشی این دانشگاه دارد. در سال 1391 تعداد 55 نفر، سال 1392 تعداد 75 و سال 1393 نیز تعداد 105 نفر از دانشجویان این دانشگاه در آزمون کارشناسی ارشد و دکتری دانشگاهها و مراکز آموزش عالی سراسر کشور پذیرفته شده اند. در مجموع 56 درصد از فارغ التحصیلان دانشگاه آیت الله حائری میبد تاکنون جهت ادامه تحصیلات تکمیلی پذیرش شده اند.
انتشار نشریه علمی-پژوهشی کتاب‌ قیم با گستره‌ی کشوری از جمله فعالیت‌های پژوهشی این دانشگاه به شمار می‌رود. این نشریه از سال 1390 تاکنون منتشر شده که در حوزه‌ی علوم اسلامی از جمله‌ی نشریات مرجع است و در گروه نشریات ISC قراردارد.