هیات امنا
هیات امنا عالی ترین ركن دانشگاه می باشد كه وظایف و اختیارات آن در قانون تشكیل هیأت های امنای دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب جلسات 181 و 183 مورخ 1367/12/9  شورای عالی انقلاب فرهنگی) و همچنین قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و تحقیقاتی( مصوب مورخ 1369/10/18مجلس شورای اسلامی) تعیین شده است.
دانشگاه های دولتی وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در استان یزد شامل دانشگاه یزد، دانشگاه آیت الله حائری میبد و دانشگاه اردکان در قالب یک هیات امنا اداره می شوند که دبیرخانه آن در دانشگاه یزد مستقر می باشد.
ضمنا این هیات امنا دارای 7 عضو حقوقی و 6 عضو حقیقی به شزح ذیل می باشد:
اعضاء حقوقی:
- وزیرعلوم
- مشاور وزیر و رئیس مرکز هیات های امنا
- رئیس کمیسیون دائمی هیات امنا
- رئیس دانشگاه یزد
- رئیس دانشگاه آیت الله حائری میبد
- رئیس دانشگاه اردکان
- نماینده سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور
اعضاء حقیقی:
- دکتر علیرضا اعرافی
- مهندس حبیب الله بیطرف
- دکتر محمدرضا تابش
- دکتر جلیل شاهی
- دکتر شایسته دادفرنیا
- مهندس سیدمحمد میرمحمدی

شرح وظایف:
- تصویب آیین نامه داخلى.
- تنظیم‏ و تصویب بودجه تفصیلى سالیانه دانشگاه.
- تعیین نحوه نگهدارى اموال و بررسى چگونگى نظارت و تمركز حسابهاى اموال منقول و غیرمنقول دانشگاه.
- تعیین نحوه برداشت و مصرف كمكهاى دریافتى مردمى، موضوع بند د ماده 27آیین‏ نامه مالى و معاملاتى دانشگاه ها.
- تصویب سازمان ادارى و تشكیلاتى دانشگاه، براساس ضوابطى به پیشنهاد وزارت علوم، تحقیقات و فناورى و با هماهنگى سازمان امور ادارى و استخدامى كشور و مصوّبه شوراى عالى انقلاب فرهنگى.
- تصویب نحوه وصول درآمدهاى اختصاصى و نحوه مصرف آن.
- تعیین حسابرس و خزانه‏ دار براى دانشگاه.
- تلاش براى جلب همیاری هاى بخش خصوصى و عواید محلّى، اعمّ از نقدى، تجهیزاتى و ساختمانى با رعایت ضوابط مصوّب شوراى عالى انقلاب فرهنگى.
- تصویب آیین نامه‏ هاى مالى و معاملاتى كه حَسَب مورد پس از تأیید وزارت علوم، تحقیقات و فناوری قابل اجراست.
- پیشنهاد میزان فوق ‏العاده‏ هاى اعضاى كادر هیأت علمى و غیر هیأت علمى كه پس از تأیید وزارت علوم ، تحقیقات و فناوری  قابلیّت اجرایى دارد.
- تعیین نحوه اداره واحدهاى تولیدى، خدماتى، كارگاهى و بهداشتى و درمانى در چارچوب ضوابط مصوّب هیأت وزیران.
- تعیین میزان پرداخت حق‏ التحقیق، حق ‏التدریس، حق‏ الترجمه، حق‏ التألیف و نظایر آن.
- بررسى گزارش مشروح دانشگاه كه از طرف ریاست دانشگاه ارائه مى‏ گردد.
- تصویب مقرّرات استخدامى اعضاى هیأت علمى دانشگاه كه به منظور هماهنگى پس از تأیید وزارت علوم، تحقیقات و فناورى قابلیّت اجرایى مى‏ یابد.
در مواردی که موضوعی نیاز به بررسی های کارشناسی دارد، هیاتی متشکل از اعضای هیات امناء و کارشناسان ذی ربط از وزارتخانه و دانشگاه کمیسیون دایمی هیات امناء را تشکیل می دهند.